Отделение патологии органов пищеварения занимается разработкой и внедрением новых методов диагностики и лечения гастроэнтерологических заболеваний. Сотрудниками отдела проводятся клинические исследования по разработке новых технологий ранней диагностики, лечения и профилактики осложнений заболеваний верхних отделов ЖКТ, воспалительных и функциональных заболеваний кишечника, гепатобилиарной патологии. Также в отделе является приоритетным внедрение в клиническую практику современных методов диагностики и лечения заболеваний органов пищеварения, основанных на международных стандартах (Маастрихтские соглашения, Римские критерии, Генвалькие консенсусы и др.) имеющих высокую доказательную базу. Для этого сотрудники отдела регулярно повышают свою квалификацию в авторитетных международных конгрессах и семинарах.
Основными направлениями научной деятельности отдела в течение последних лет является изучение распространённости и особенностей течения заболеваний верхних отделов ЖКТ, в частности гастроэзофагеальной рефлюксной болезни, хеликобактер ассоциированных заболеваний (язвенная болезнь, хронические гастриты) по Узбекистану, разработки информативных, неинвазивных методов ранней диагностики и модификации существующих стандартов течения этих заболеваний с учетом региональных особенностей. Также сотрудниками отдела изучены особенности генетического полиморфизма неалкогольной жировой болезни печени в узбекской популяции, определены факторы риска прогрессирования болезни, разработаны новые методы лечения и профилактики осложнений этого заболевания. Все разработанные методы диагностики лечения опубликованы в авторитетных международных журналах, доложены в международных конгрессах, получены авторские свидетельства.
Отделение гастроэнтерологии укомплектовано высококвалифицированными специалистами – гастроэнтерологами, большинство которых имеют ученые степени доктора или кандидата медицинских наук, высшие категории по гастроэнтерологии. В лаборатории центра проводится широкий спектр клинических, биохимических, иммуноферментных анализов, необходимых для гастроэнтерологической практики. Также проводится ультразвуковые, эндоскопические, колоноскопические другие методы инструментальных исследований на современном оборудовании ведущих мировых производителей. Эксклюзивными методами обследования гастроэнтерологических больных в отделе являются рН-метрические исследования на современном, цифровом ацидогастрометре, уреазные тесты для диагностики хеликобактерной инфекции. Совместно со специалистами института биологической химии АН РУз проводятся генетические исследования при заболеваниях органов пищеварения и гепатобилиарной патологии. Все это позволяет не только выполнять научные исследования, но и проводить качественное обследование и лечение больных с заболеваниями органов пищеварения, основанное на современных достижениях мировой гастроэнтерологии.
Сотрудники отделения постоянно участвуют в республиканских и международных конференциях, в том числе «Гепатология сегодня», Славяно-балтийских научных форумах «Санкт-Петербург-Гастро», Российских гастроэнтерологических неделях, «Гепатошколах», конгрессах EASL, APASL и UEG. Опубликовано более 300 публикаций. Выпущено более 10 методических рекомендаций, получены 4 авторских свидетельства. За 10 лет защитились 2 докторские и 4 кандидатские диссертации.