Отделение патологии органов пищеварения занималось разработкой и внедрением новых методов диагностики и лечения гастроэнтерологических больных. В отделении проводится эндоскопические исследования: эзофагогастродуоденофиброскопия, колоно- и ректоскопия. Налажена методика рН-метрии, дыхательного уреазного теста. В настоящее время в отделении работают 4 сотрудников, из них 1 д.м.н. Профессор , 2 к.м.н.
Заведует работой отдела патологии органов пищеварения к.м.н. Дусмухамедова Э.Х.